Genome Spotlight: Black Abalone (Haliotis cracherodii)

The Scientist Magazine®

Btrūksta abalo (Haliotis cracherodii) kadaise buvo gausu Kalifornijos potvynių buveinėse, suteikdamos baltymų ir blizgių kriauklių vietinėms tautoms, gyvenusioms šalia jų tūkstantmečius. JAV komercinė žvejyba iš pradžių buvo sutelkta į žolėdžių moliuskų giminaičius, tačiau dėl pernelyg didelio žuvų kiekio sumažėjimo 1968 m. prasidėjo plataus masto komercinė juodųjų ešerių žvejyba, kuri iki aštuntojo dešimtmečio pradžios ištraukė šimtus metrinių tonų gyvūnų. pakrantėje kiekvienais metais. Tada, devintajame ir dešimtajame dešimtmetyje, kai juodasis abalas jau nyko, niokojanti mikrobų sukelta liga, vadinama vytimo sindromu, nužudė milijonus jų, sunaikindama daugiau nei 80 procentų visos populiacijos. Tai paskatino Tarptautinę gamtos apsaugos sąjungą (IUCN) priskirti rūšį kritiškai nykstančia ir paskatino federalinės apsaugos antplūdį.

2020 m. JAV nacionalinė jūrų žuvininkystės tarnyba nustatė aštuonis pagrindinius veiksmus, reikalingus gyvūnams išsaugoti ir atkurti, įskaitant laukinių populiacijų genetinės struktūros ir įvairovės įvertinimą. Nors buvo paskelbti kai kurie juodųjų abalonų genetikos tyrimai, giliau suprasti gyvūnų biologiją ir ekologiją trukdė genomikos išteklių nebuvimas. Taigi, norėdami padėti tokiam darbui ir suteikti naujų įžvalgų apie šias labai nykstančias sraiges, Kalifornijos universiteto Santa Kruze mokslininkai sukūrė etaloninės kokybės genomą šiai rūšiai.

Žr. „Tyrėjai seka ryklius ir banginius, naudodami DNR jūros vandens mėginiuose“

1,18 Gb seka, paskelbta gegužės 14 d Žurnalas apie paveldimumą, buvo surinktas naudojant „Pacific Bio HiFi“ ilgų skaitymų ir „Omni-C“ chromatino fiksavimo derinį (kuris sujungia DNR prieš sekos nustatymą, kad gautų 3D genominę informaciją). Naudodami etaloninių genų rinkinį metazoanams, mokslininkai apskaičiavo, kad genomas yra 97,4 procento užbaigtas; su moliuskams būdingu genų rinkiniu, apskaičiuota, kad jis yra baigtas 86 proc.

Kalifornijos pakrantėje kažkada buvo gausu juodųjų abalų, kur jų ganymas vaidino esminį vaidmenį potvynių ekosistemoje.

© INATURALIST.COM, HKIBA

Genomas pridedamas prie keturių anksčiau paskelbtų kitų genomų Haliotis Autoriai pažymi, kad iš NCBI duomenų bazės daugiau nei 3200 gyvūnų genomų yra pirmoji rūšis ir yra pirmoji iš ypač nykstančių rūšių, tačiau tik 75 yra kilę iš moliuskų, nepaisant to, kad moliuskai yra antras pagal dydį gyvūnų prieglobstis.

„Juodojo abalo etaloninis genomas bus esminis išteklius norint suprasti šios rūšies evoliucijos istoriją, taip pat ištirti dabartinį jos genetinės įvairovės lygį ir sudaryti ateities valdymo bei atkūrimo planus“, – rašo komanda, pridurdama, kad seka. turėtų leisti mokslininkams atsakyti į pagrindinius klausimus apie gyvūnus, pvz., ar yra genomo skirtumų, susijusių su atsparumu arba jautrumu vytimo sindromui, ir ar jų populiacijos struktūra rodo ekologines kliūtis sklaidai ir įsikūrimui, kurias reikia įveikti taikant valdymo veiksmus.

Antrosios vietos laimėtojai:

Balearų šlifavimo vanduo (Puffinus mauretanicus)

Kai kurie skaičiavimai rodo, kad didžiausias Europos jūros paukštis, Balearų šermukšnis, išnyks per ateinantį pusę amžiaus, jei apsaugos pastangos negalės pakeisti staigaus metinio jo populiacijos mažėjimo. Tyrėjai tikisi, kad atkūrimo pastangas padės aukštos kokybės (apytikriai 95,9 proc. užbaigtas) etaloninis šios rūšies genomas, paskelbtas gegužės 7 d. Genomo biologija ir evoliucija. Komanda naudojo seką, kad atkurtų rūšies demografinę istoriją, kuri apima staigų populiacijos dydžio sumažėjimą maždaug prieš 150 000 metų, sutapusį su labai žemo jūros lygio laikotarpiu. „Ateities vykdomi tyrimai, naudojant galingesnį populiacijos genomikos metodą, leis atkurti naujesnes rūšių demografines istorijas ir patikrinti iškastinėmis medžiagomis pagrįstas hipotezes apie pastarojo meto gyventojų praradimą dėl žmonių kolonizacijos saloje“, – teigia autoriai. rašyti.

kultivuotos avižos (Avena sativa)

Kultivuojamos avižos šimtmečius buvo pagrindinė javų kultūra visame pasaulyje, todėl buvo daug susidomėjimo plėtoti šios rūšies genominius išteklius. Deja, sudėtingame augalo genome yra daugiau nei 80 000 genų – daug daugiau nei turi žmonės – dėl kurių genetikams skauda galvą. Galiausiai mokslininkai paskelbė gerai anotuotą chromosomų masto rinkinį Gamta gegužės 18 dieną. Analizė, naudojant surinkimą, atskleidė praeities didelio masto genominius pertvarkymus, dėl kurių pablogėjo veislių veisimas. Dėl sekos „[m]Įvairios veisimo strategijos, tokios kaip genomo redagavimas ir genų piramidavimas, dabar gali būti lengviau pritaikytos avižoms, siekiant sukurti veisles, kurios patenkintų didėjančią pasaulinę avižų produktų paklausą “, – rašo autoriai. Apibendrinant jie daro išvadą, kad „šis visiškai anotuotas heksaploidinis avižų etaloninis genomas sudaro pagrindą avižų veisimo ir pagrindinės avižų biologijos pažangai bei vykdomam pan-genomo projektui“.

Genome Spotlight yra mėnesio stulpelis, skirtas Mokslininkas‘s Genetika ir genomika informacinį biuletenį, kuriame pabrėžiamos neseniai paskelbtos genomo sekos ir gyvenimo paslaptys, kurias jos gali atskleisti.

Parašykite komentarą

El. pašto adresas nebus skelbiamas.